SMP Negeri 3 Mojoagung didirikan pada tanggal 6 September 1999. Ia berada di Desa Karobelah Kecamatan Mojoagung, Kabupaten Jombang, sebuah desa kecil yang asri dengan suasana sejuk alam pedesaan,  serta didukung masyarakat yang religious sehingga sekolah ini menjadi sekolah favorit di Kecamatan Mojoagung dan sekitarnya.

Sejak didirikan sampai saat ini SMP Negeri 3 Mojoagung telah dipimpin oleh 12 Kepala Sekolah yaitu :

1. Drs. SUYONO Tahun 1999 – 2000
2. Drs. SUKRISTIYONO, S.S., M.Si. Tahun 2000 – 2003
3. Drs. UMARUL FARUQ, M.Si. Tahun 2003 – 2005
4. Drs. MOHAMMAD SHODIQ, M.M. Tahun 2005 – 2008
5. RUDY YOSO ADINUGROHO, S.Pd. Tahun  2008 – 2010
6. SUNARYANTO, S.Pd., M.Pd. Tahun 2010 – 2013
7. Drs. SAIFUL AMIN, M.Pd. Tahun 2013 – 2015
8. Drs, MOH. KOLIL Tahun 2015 – 2018
9. LULUK MUYASSAROH, S.Ag., M.Pd.I Tahun 2018 – 2019
10. Drs. ZAINUL ARIFIN Tahun 2019 – 2020
11. Drs. SOLLAHUDIN, M.Pd. Tahun 2020 – 2020
12. RUDHI ATMOKO, M.Pd. Tahun 2020 – Sekarang

Saat ini SMP Negeri 3 Mojoagung telah menjadi sekolah Adiwiyata tingkat Provinsi Jawa Timur dan  ditunjang dengan prestasinya  baik dari segi akademik, non akademik, serta sarana penunjangnya SMP Negeri 3 Mojoagung telah  menjadi icon sekolah idaman dan telah menjadi rumah kedua bagi peserta didik untuk meraih prestasi dan cita cita nya.